「我是皮卡丘。虽然这么说有点跩，但……我是个名侦探！」
这次登场的皮卡丘跟平常有点不一样⁉不但爱喝咖啡，神情举止也跟大叔没两样。明明摆出一副高高在上的态度和言行，却总是让人讨厌不起来，这只会说人话还自称「名侦探」的皮卡丘（CV：山寺宏一）和它的搭档青年提姆（CV：上村佑翔），在宝可梦与人类共生的城市「莱姆市」中，与城市里的宝可梦一起合力解开各种事件的谜团。

■故事
在「侦探搭档」提姆和皮卡丘寻找提姆失踪的父亲・哈利之际，发生了「宝石窃盗事件」。以这个事件为契机，2人逐步迫近重大谜团的真相。
为什么哈利会失去了踪影？
为什么皮卡丘只能跟提姆对话？
提姆和皮卡丘又能够找到哈利吗？
故事最终会走向怎样的结局……

■借助宝可梦们的力量调查事件
「打听」是调查事件时的基础。提姆可从人类身上打听，而皮卡丘则可从宝可梦身上打听，搜集证词。当中也会有能发挥自己的特殊能力来协助调查的宝可梦。
卡蒂狗能用它敏锐的嗅觉追踪气味。坐在卡蒂狗的背上在莱姆市四处穿梭，找出事件的证据吧。
达摩狒狒（伽勒尔的样子）强而有力的拳击连岩石也能粉碎，调查途中被障碍物挡住去路时便可借助它的力量。
伦琴猫能够透视墙壁的另一侧，利用这个能力便可找出隐藏的线索，或是能隐秘地行动而不被发现。